FFG-Geschäftsführerin Henrietta Egerth: "Die Zusammenarbeit der FFG mit den Bundesländern stellt eine win-win-Situation dar: Die Länder können ihre innovativen Unternehmen gezielt unterstützen, und zwar ohne zusätzlichen eigenen Verwaltungsaufwand. Die Unternehmen müssen nur einen Antrag bei der FFG stellen, und die FFG kann gut bewertete Projekte höher fördern." FFG-Geschäftsführer Klaus Pseiner ergänzt: „Wir versuchen, sowohl kleine und mittelständische Firmen zur Forschung zu bringen, als auch die großen Leitbetriebe zu unterstützen. Die Zusammenarbeit zwischen den Ländern und uns als umsetzender Agentur des Bundes ist ein Vorbild für eine effiziente Zusammenarbeit in der Forschungsförderung.“
Die Kooperation mit Tirol läuft seit 2014, jene mit Salzburg seit 2008. Das Land Tirol stellt in den nächsten beiden Jahren bis zu 1,2 Millionen Euro für die Kooperation zur Verfügung, das Land Salzburg etwa zwei Millionen Euro. Auch mit den Bundesländern Niederösterreich (seit 2014) und Oberösterreich (seit 2006) gibt es ähnliche Kooperationen.